W rolnictwie ekologicznym ochronę roślin traktuje się nieco inaczej niż w rolnictwie konwencjonalnym. Przede wszystkim dlatego, że zamiast zwalczać choroby roślin i tępić szkodniki, już na początku uprawy tworzy się takie warunki, by rośliny wzrastały prawidłowo ze zminimalizowanym zagrożeniem ze strony chorób i szkodników. Podobnie w hodowli zwierząt, stawia się na poprawę warunków na farmach, zamiast na bieżąco stosować antybiotyki.
Ochronę uprawy bierze się pod uwagę już na samym początku planowania założenia plantacji. Wybiera się odpowiednią lokalizację lub siedlisko, zaś sadzone rośliny przygotowuje się do wytworzenia substancji obronnych. W grę wchodzą także zabiegi biotechniczne i sadzenie roślin symbiotycznych. Nie ma mowy raczej o działaniach interwencyjnych, czyli o eliminowaniu szkodników – jedynie w ostatecznych przypadkach bezpośredniego zagrożenia. Jeśli jednak przychodzi do eliminowania szkodników, nie stosuje się tych samych środków trujących, co w tradycyjnym rolnictwie. Użyte pestycydy muszą być zgodne z regułami ekologicznego rolnictwa i prawami danego kraju dotyczącymi ochrony roślin przeznaczonych do użytkowania. Uprawę ekologiczną chroni się przede wszystkim poprzez eliminowanie i ograniczenia chwastów. Chwasty zabierają roślinom substancje odżywcze z gleby oraz światło. Regularne odchwaszczanie plantacji zapewnia roślinom odpowiednią przestrzeń do wzrostu. Podobnie jak w rolnictwie konwencjonalnym stosuje się ochronię roślin przed chorobami oraz szkodnikami. W zależności od rodzaju prowadzonej uprawy czy hodowli, zakres dostępnych środków jest różny.
Przy dobrze zaplanowanej uprawie ekologicznej takie sytuacje zdarzają się jednak rzadko, a zagrożenie upraw jest stosunkowo niewielkie. Zapewnienie roślinom optymalnych warunków rozwojowych i umieszczenie plantacji w bio-zróżnicowanym środowisku to gwarancja ograniczenia plenienia się chorób i szkodników do minimum. Jedynym czynnikiem mogącym podnieść ryzyko zagrożenia są niekorzystne warunki pogodowe, których niestety nie da się przewidzieć na dłuższą skalę. Niekorzystna aura może spowodować korzystne warunki dla rozwoju chorób, a także powodować osłabienie stanu roślin i ich wzrostu.
Każda uprawa rządzi się swoimi prawami i regułami. Mimo iż łatwo powiedzieć o zapewnienie idealnych warunków do danej plantacji ekologicznej, w rzeczywistości nie przychodzi to tak łatwo. Rolnictwo ekologiczne zajmuje wciąż stosunkowo niewielki procent krajowych upraw, a co za tym idzie, większość eko-gospodarstw sąsiaduje z większymi, konwencjonalnymi. Naturalne jest, że na szkodniki mogą się przenieść z pola na inne, atakując tym samym bezbronną hodowlę. Jest to ryzyko, które z pewnością może się pojawić lokując swoją farmę w niewłaściwym miejscu. Planując uprawę ekologiczną, postępujmy krok po kroku wszystkimi metodami, ale w razie konieczności powinniśmy się zapoznać z materiałami, których może używać, a także z sąsiadami-szkodnikami.